Cuando Gran Bretaña declaró la guerra a Alemania el 3 de septiembre de 1939, el Rodney y el grueso de la Home Fleet patrullaban las aguas entre Islandia, Noruega y Escocia en busca de buques alemanes que rompieran el bloqueo, y posteriormente hicieron prácticamente lo mismo frente a la costa noruega del 6 al 10 de septiembre. La Flota Nacional ya se encontraba en el mar cuando el submarino Spearfish, que patrullaba en la bahía de Heligoland, sufrió graves daños por las cargas de profundidad alemanas el 24 de septiembre. Incapaz de sumergirse, solicitó ayuda y la flota respondió con dos destructores que lo escoltaron hasta su regreso a casa y el resto de la flota brindándole cobertura. Los alemanes avistaron el grueso de la Flota Nacional, que fue atacada por cinco bombarderos del I./KG 30. El radar del Rodney proporcionó una alerta oportuna y el avión no causó daños a los buques británicos. Al mes siguiente, el buque formó parte de la fuerza de cobertura para un convoy de mineral de hierro procedente de Narvik, Noruega. Syfret fue relevado por el capitán Frederick Dalrymple-Hamilton el 21 de noviembre. Tras el hundimiento del mercante armado Rawalpindi dos días después a manos de los acorazados Scharnhorst y Gneisenau frente a Islandia, el Rodney y el resto de la Home Fleet fueron enviados a buscarlos, pero el mal tiempo permitió a los acorazados alemanes evadir a sus perseguidores y regresar a Alemania. El acorazado sufrió graves problemas con el timón el 29 de noviembre y se vio obligado a regresar a Liverpool, utilizando únicamente sus motores, para reparaciones que duraron hasta el 31 de diciembre.
Tras sufrir daños en el Nelson por una mina el 4 de diciembre, el Rodney sirvió como buque insignia temporal de la flota hasta el regreso de su gemelo en agosto. Pasó la mayor parte de enero y febrero de 1940 fondeado, con misiones ocasionales para proteger a los convoyes de los ataques comerciales. Durante una de estas salidas, el 21 de febrero, con mal tiempo, reaparecieron sus problemas de gobierno, lo que lo obligó a regresar a Greenock, Escocia. Seis días después, el barco recibió la visita de los reyes Jorge VI y Isabel durante su visita a los astilleros escoceses para levantar la moral. El Primer Lord del Almirantazgo, Winston Churchill (que pronto se convertiría en Primer Ministro), embarcó en el Rodney para un viaje a Scapa Flow los días 7 y 8 de marzo. A pesar del peligro de un ataque aéreo de la Luftwaffe, la mayor parte de la Home Fleet estaba ahora estacionada allí; el Rodney estuvo a punto de ser alcanzado durante un ataque el 16 de marzo.
Tras recibir la noticia de que la RAF había atacado buques de guerra alemanes que se dirigían al norte en el Mar del Norte el 7 de abril, el almirante sir Charles Forbes, comandante en jefe de la Home Fleet, ordenó a la mayoría de sus buques zarpar esa misma noche. El Rodney fue alcanzado por una bomba de 500 kgs el 9 de abril frente a la costa suroccidental de Noruega. La bomba se desintegró al impactar en la esquina de una caja de munición lista blindada de 4,7 pulgadas en la cubierta superior, a popa de la chimenea; sus fragmentos penetraron varias cubiertas antes de rebotar en la cubierta blindada de 4 pulgadas y provocar un pequeño incendio en la cocina. Tres hombres resultaron heridos por la bomba y otros quince sufrieron quemaduras eléctricas cuando el agua utilizada para extinguir el incendio se derramó sobre una caja de conexiones. La tripulación realizó reparaciones temporales y el buque permaneció en el mar hasta que echó anclas en Scapa Flow el 17 de abril. Tras recibir la notificación de avistamiento de buques alemanes en el Mar de Noruega el 9 de junio, Forbes ordenó a la Home Fleet, incluido el Rodney, que se hiciera a la mar para proteger los convoyes de tropas que evacuaban a las fuerzas aliadas de Noruega
El Nelson regresó del astillero el 24 de julio y reanudó su función como buque insignia de la Home Fleet. El Rodney fue transferido de Scapa Flow a Rosyth el 23 de agosto con órdenes de atacar a la flota de invasión alemana en el Canal de la Mancha al inicio de la Operación León Marino. Regresó a Scapa el 4 de noviembre para comenzar la escolta de convoyes. Tras el hundimiento del crucero mercante armado Jervis Bay al día siguiente por el crucero pesado Admiral Scheer, los buques gemelos fueron desplegados en la brecha entre Islandia y las Islas Feroe para bloquear cualquier intento del crucero alemán de regresar a casa. Al mes siguiente, el Rodney fue asignado para reunirse con el convoy HX 93 procedente de Halifax, Nueva Escocia, y escoltarlo de regreso a casa. El buque sufrió una fuerte tormenta con vientos huracanados del 6 al 8 de diciembre, que causó filtraciones en el blindaje del casco y una inundación moderada. Las reparaciones en Rosyth comenzaron el 18 de diciembre, incluyendo el refuerzo estructural del blindaje del casco y el refuerzo general de la estructura de proa.
Tras finalizar su reacondicionamiento el 13 de enero de 1941 el Rodney se unió a la búsqueda del Scharnhorst y el Gneisenau, sin éxito, y escoltó al Convoy HX 108 del 12 al 23 de febrero. El 16 de marzo, el buque avistó a este último acorazado mientras escoltaba al Convoy HX 114 en el Atlántico Norte; el Gneisenau estaba rescatando a los supervivientes del buque frigorífico independiente, el "Chinese Reefer", de 1.831 toneladas, cuando el Rodney se asomó por el horizonte, recortado contra el sol poniente. Parcialmente oculto tras el buque mercante en llamas, el oficial de artillería estimó que el buque alemán, visible intermitentemente, se encontraba a 15 o 16 millas náuticas (28 o 30 kms) de distancia, cerca del alcance máximo de los cañones del Rodney. El Dalyrmple-Hamilton se negó a perseguir al Gneisenau cuando viró a su velocidad máxima de 31 nudos (57 km/h) y logró rescatar a 27 supervivientes y a dos marineros muertos de un bote salvavidas antes de regresar a su convoy. El Convoy de Tropas TC 10 partió de Halifax el 10 de abril con una sólida escolta que incluía al Rodney. Mientras navegaba hacia el sur desde el río Clyde en la madrugada del 19 de abril, el acorazado embistió accidentalmente y hundió al arrastrero armado Topaze; solo cuatro supervivientes pudieron ser rescatados por destructores cercanos (otras fuentes indican dos supervivientes o ninguno).
El 22 de mayo de 1941, el Rodney y cuatro destructores formaron parte de la escolta del transatlántico MV Britannic cuando zarpó hacia Halifax. El acorazado tenía previsto continuar rumbo a Boston para reparaciones y reacondicionamiento. Para ello, el buque transportaba algunos materiales, como tubos de caldera y tres montajes óctuples "pom-pom", destinados a su reacondicionamiento. También transportaba a 521 pasajeros militares con destino a Halifax, así como a un agregado naval adjunto estadounidense que trasladaba documentos importantes a EEUU. El Britannic transportaba civiles a Canadá y traería tropas y aviadores canadienses de regreso a Gran Bretaña.
Tras el hundimiento del crucero de batalla Hood por parte del Bismarck durante la Batalla del Estrecho de Dinamarca en la mañana del 24 de mayo, el Almirantazgo ordenó al Rodney unirse a la persecución del buque alemán, dejando al destructor Eskimo como escolta del Britannic y llevando consigo al Somali, al Mashona y al Tartar en la búsqueda. Después de que el crucero pesado Suffolk avisara por radio que había perdido contacto por radar con el Bismarck a las 04:01 de la mañana del 25 de mayo, Dalrymple-Hamilton, tras consultar a sus oficiales superiores y al agregado estadounidense, decidió que el barco alemán probablemente se dirigía a Brest y, por lo tanto, puso rumbo al este para interceptarlo, alcanzando en algunos momentos los 25 nudos, lo que excedía su velocidad máxima diseñada en dos nudos (3,7 km/h), aunque esto causó varios fallos mecánicos. Más tarde esa mañana, el almirante Sir John Tovey en el acorazado King George V ordenó a todos los barcos que se dirigieran al noroeste debido a una señal malinterpretada del Almirantazgo, pero Dalrymple-Hamilton sabía que su barco era demasiado lento para alcanzar al Bismarck si se dirigía en esa dirección e ignoró la orden de Tovey. El Almirantazgo informó a Dalrymple-Hamilton que creían que el Bismarck probablemente se dirigía a Brest o Saint Nazaire a las 11:40. Posteriormente, el capitán modificó su rumbo más al sureste para cubrir los accesos a los puertos españoles donde el buque alemán podría internarse, pero esto fue revocado por una orden del Almirantazgo de virar al noreste a las 14:30. Dalrymple-Hamilton continuó rumbo al sureste durante varias horas más antes de decidir obedecer la orden a las 16:20; durante este tiempo, el Bismarck pasó su posición justo por debajo del horizonte, a unas 25 millas náuticas (46 kms). Al no haber avistado el buque alemán a las 21:00, Dalrymple-Hamilton decidió virar de nuevo al sureste, rumbo directo a Brest.
Tras sufrir daños en el Nelson por una mina el 4 de diciembre, el Rodney sirvió como buque insignia temporal de la flota hasta el regreso de su gemelo en agosto. Pasó la mayor parte de enero y febrero de 1940 fondeado, con misiones ocasionales para proteger a los convoyes de los ataques comerciales. Durante una de estas salidas, el 21 de febrero, con mal tiempo, reaparecieron sus problemas de gobierno, lo que lo obligó a regresar a Greenock, Escocia. Seis días después, el barco recibió la visita de los reyes Jorge VI y Isabel durante su visita a los astilleros escoceses para levantar la moral. El Primer Lord del Almirantazgo, Winston Churchill (que pronto se convertiría en Primer Ministro), embarcó en el Rodney para un viaje a Scapa Flow los días 7 y 8 de marzo. A pesar del peligro de un ataque aéreo de la Luftwaffe, la mayor parte de la Home Fleet estaba ahora estacionada allí; el Rodney estuvo a punto de ser alcanzado durante un ataque el 16 de marzo.
Tras recibir la noticia de que la RAF había atacado buques de guerra alemanes que se dirigían al norte en el Mar del Norte el 7 de abril, el almirante sir Charles Forbes, comandante en jefe de la Home Fleet, ordenó a la mayoría de sus buques zarpar esa misma noche. El Rodney fue alcanzado por una bomba de 500 kgs el 9 de abril frente a la costa suroccidental de Noruega. La bomba se desintegró al impactar en la esquina de una caja de munición lista blindada de 4,7 pulgadas en la cubierta superior, a popa de la chimenea; sus fragmentos penetraron varias cubiertas antes de rebotar en la cubierta blindada de 4 pulgadas y provocar un pequeño incendio en la cocina. Tres hombres resultaron heridos por la bomba y otros quince sufrieron quemaduras eléctricas cuando el agua utilizada para extinguir el incendio se derramó sobre una caja de conexiones. La tripulación realizó reparaciones temporales y el buque permaneció en el mar hasta que echó anclas en Scapa Flow el 17 de abril. Tras recibir la notificación de avistamiento de buques alemanes en el Mar de Noruega el 9 de junio, Forbes ordenó a la Home Fleet, incluido el Rodney, que se hiciera a la mar para proteger los convoyes de tropas que evacuaban a las fuerzas aliadas de Noruega
El Nelson regresó del astillero el 24 de julio y reanudó su función como buque insignia de la Home Fleet. El Rodney fue transferido de Scapa Flow a Rosyth el 23 de agosto con órdenes de atacar a la flota de invasión alemana en el Canal de la Mancha al inicio de la Operación León Marino. Regresó a Scapa el 4 de noviembre para comenzar la escolta de convoyes. Tras el hundimiento del crucero mercante armado Jervis Bay al día siguiente por el crucero pesado Admiral Scheer, los buques gemelos fueron desplegados en la brecha entre Islandia y las Islas Feroe para bloquear cualquier intento del crucero alemán de regresar a casa. Al mes siguiente, el Rodney fue asignado para reunirse con el convoy HX 93 procedente de Halifax, Nueva Escocia, y escoltarlo de regreso a casa. El buque sufrió una fuerte tormenta con vientos huracanados del 6 al 8 de diciembre, que causó filtraciones en el blindaje del casco y una inundación moderada. Las reparaciones en Rosyth comenzaron el 18 de diciembre, incluyendo el refuerzo estructural del blindaje del casco y el refuerzo general de la estructura de proa.
Tras finalizar su reacondicionamiento el 13 de enero de 1941 el Rodney se unió a la búsqueda del Scharnhorst y el Gneisenau, sin éxito, y escoltó al Convoy HX 108 del 12 al 23 de febrero. El 16 de marzo, el buque avistó a este último acorazado mientras escoltaba al Convoy HX 114 en el Atlántico Norte; el Gneisenau estaba rescatando a los supervivientes del buque frigorífico independiente, el "Chinese Reefer", de 1.831 toneladas, cuando el Rodney se asomó por el horizonte, recortado contra el sol poniente. Parcialmente oculto tras el buque mercante en llamas, el oficial de artillería estimó que el buque alemán, visible intermitentemente, se encontraba a 15 o 16 millas náuticas (28 o 30 kms) de distancia, cerca del alcance máximo de los cañones del Rodney. El Dalyrmple-Hamilton se negó a perseguir al Gneisenau cuando viró a su velocidad máxima de 31 nudos (57 km/h) y logró rescatar a 27 supervivientes y a dos marineros muertos de un bote salvavidas antes de regresar a su convoy. El Convoy de Tropas TC 10 partió de Halifax el 10 de abril con una sólida escolta que incluía al Rodney. Mientras navegaba hacia el sur desde el río Clyde en la madrugada del 19 de abril, el acorazado embistió accidentalmente y hundió al arrastrero armado Topaze; solo cuatro supervivientes pudieron ser rescatados por destructores cercanos (otras fuentes indican dos supervivientes o ninguno).
El 22 de mayo de 1941, el Rodney y cuatro destructores formaron parte de la escolta del transatlántico MV Britannic cuando zarpó hacia Halifax. El acorazado tenía previsto continuar rumbo a Boston para reparaciones y reacondicionamiento. Para ello, el buque transportaba algunos materiales, como tubos de caldera y tres montajes óctuples "pom-pom", destinados a su reacondicionamiento. También transportaba a 521 pasajeros militares con destino a Halifax, así como a un agregado naval adjunto estadounidense que trasladaba documentos importantes a EEUU. El Britannic transportaba civiles a Canadá y traería tropas y aviadores canadienses de regreso a Gran Bretaña.
Tras el hundimiento del crucero de batalla Hood por parte del Bismarck durante la Batalla del Estrecho de Dinamarca en la mañana del 24 de mayo, el Almirantazgo ordenó al Rodney unirse a la persecución del buque alemán, dejando al destructor Eskimo como escolta del Britannic y llevando consigo al Somali, al Mashona y al Tartar en la búsqueda. Después de que el crucero pesado Suffolk avisara por radio que había perdido contacto por radar con el Bismarck a las 04:01 de la mañana del 25 de mayo, Dalrymple-Hamilton, tras consultar a sus oficiales superiores y al agregado estadounidense, decidió que el barco alemán probablemente se dirigía a Brest y, por lo tanto, puso rumbo al este para interceptarlo, alcanzando en algunos momentos los 25 nudos, lo que excedía su velocidad máxima diseñada en dos nudos (3,7 km/h), aunque esto causó varios fallos mecánicos. Más tarde esa mañana, el almirante Sir John Tovey en el acorazado King George V ordenó a todos los barcos que se dirigieran al noroeste debido a una señal malinterpretada del Almirantazgo, pero Dalrymple-Hamilton sabía que su barco era demasiado lento para alcanzar al Bismarck si se dirigía en esa dirección e ignoró la orden de Tovey. El Almirantazgo informó a Dalrymple-Hamilton que creían que el Bismarck probablemente se dirigía a Brest o Saint Nazaire a las 11:40. Posteriormente, el capitán modificó su rumbo más al sureste para cubrir los accesos a los puertos españoles donde el buque alemán podría internarse, pero esto fue revocado por una orden del Almirantazgo de virar al noreste a las 14:30. Dalrymple-Hamilton continuó rumbo al sureste durante varias horas más antes de decidir obedecer la orden a las 16:20; durante este tiempo, el Bismarck pasó su posición justo por debajo del horizonte, a unas 25 millas náuticas (46 kms). Al no haber avistado el buque alemán a las 21:00, Dalrymple-Hamilton decidió virar de nuevo al sureste, rumbo directo a Brest.
