El 8 de enero de 1941, para proteger una serie de complejos movimientos navales británicos a Malta (Operación Excess), la RAF regresó para bombardear el puerto de Nápoles: varias bombas explotaron en las cercanías del Cesare mientras estaba anclado, causando una fuga de agua en el casco y dañando una de las turbinas del barco, mientras que la metralla generada por las explosiones mató a cinco miembros de la tripulación e hirió a otros 20. Para evitar mayores riesgos, en la tarde del 9 de enero el mando italiano ordenó al Cesare y al Vittorio Veneto que se trasladaran a La Spezia, renunciando a que intervinieran contra las formaciones británicas; el Cesare continuó entonces hacia Génova, en cuyos astilleros fue sometido a reparaciones. Habiendo reunido al resto del escuadrón naval en La Spezia a finales de enero, el 8 de febrero el Cesare se hizo a la mar con el resto de los barcos de Iachino después de informes de reconocimiento de movimientos de la Fuerza H británica al oeste de Cerdeña; Debido a una serie de retrasos en el reconocimiento, confusiones en las comunicaciones y negligencia en el envío de informes y avistamientos, las unidades italianas no pudieron contactar con los barcos británicos, que pudieron bombardear Génova con impunidad el 9 de febrero (donde creían que Cesare aún se encontraba) y luego retirarse sin sufrir daños. El Cesare y las demás unidades del escuadrón de batalla de Iachino se dirigieron entonces a Nápoles la mañana del 11 de febrero para esperar a que los dragaminas despejaran las entradas del puerto de La Spezia, que había sido minado por aviones británicos en conjunto con el bombardeo de Génova, regresando a su base de Liguria esa misma tarde.

El barco con el esquema de colores de camuflaje adoptado en 1942.
https://it.wikipedia.org/wiki/Giulio_Ce ... battaglia)
El Cesare pasó gran parte de 1941 inactivo, ya que la disminución progresiva de su velocidad máxima, debido al desgaste de su motor obsoleto, ya no le permitía operar junto a los acorazados de la clase Littorio. Supermarina descartó un posible uso en el asalto aerotransportado alemán a Creta, junto con el Doria, dado que los otros cuatro acorazados estaban detenidos para reparaciones y la reciente derrota en Matapan. Solo el 16 de diciembre de 1941 Cesare participó nuevamente en una acción, cuando partió de Taranto en un escuadrón con el Littorio y el Doria para escoltar a distancia un convoy de suministros urgentes con destino a Trípoli (Operación M42); el Cesare y el Doria habían sido llamados a la flota después de que el Vittorio Veneto resultara dañado en un ataque con torpedos del submarino HMS Urge el 14 de diciembre. La formación italiana se separó en la tarde del 17 de diciembre para interceptar buques británicos que, según se informó, se acercaban al convoy, que en realidad era un pequeño convoy con destino a Malta: el contacto entre ambas formaciones dio lugar a un breve enfrentamiento (la llamada Primera Batalla de Sirte), en el que Cesare no participó y que terminó sin resultados tras unos minutos, debido a la llegada de la noche. Una vez completado el traslado del convoy a Trípoli, los buques italianos regresaron a la base sin sufrir daños.
El 3 de enero de 1942, el Cesare, todavía en escuadrón con el Littorio y el Doria, partió de Taranto para ser empleado nuevamente como escolta distante de un gran convoy de suministros con destino a Trípoli (operación M43); la operación se completó el 6 de enero sin que se registrara ningún contacto con el enemigo, y la formación regresó entonces a Tarento. La acción representó la última misión de guerra para el Cesare : debido a la obsolescencia general de la unidad y la creciente escasez de combustible que afligía a la flota italiana, se decidió retirar el acorazado de las operaciones de primera línea. Habiendo sido colocado en la "tabla de armamento reducido" después de marzo de 1942, el Cesare permaneció anclado en Taranto realizando únicamente actividades de entrenamiento; El 30 de diciembre de 1942, el acorazado recibió órdenes de trasladarse a Pola para una serie de importantes trabajos de modernización que se llevarían a cabo en los astilleros de Trieste; estos trabajos nunca comenzaron y en enero de 1943 el buque fue puesto en reserva, permaneciendo anclado en Pola y siendo utilizado únicamente como buque cuartel y para entrenamiento estático de los estudiantes de las escuelas de tripulación locales. Con la entrada en servicio del tercer y último acorazado de la clase Littorio, el Roma , la utilidad bélica del Cesare cesó y gran parte de su tripulación fue desembarcada y asignada a unidades ligeras para la escolta del tráfico naval, que eran más necesarias.
El Cesare aún se encontraba atracado en Pola cuando, en la noche del 8 de septiembre de 1943, se anunció la firma de un armisticio entre Italia y los Aliados. Esa misma noche, el Ministro de Marina, Raffaele de Courten, comunicó a todas las bases de la Marina Real que, en cumplimiento de los términos del armisticio, todas las unidades capaces de moverse debían abandonar sus amarres y dirigirse a Malta u otros puertos controlados por los Aliados. Si bien De Courten se cuidó de comunicar que el armisticio no contemplaba en absoluto la entrega de los buques a los Aliados ni el arriado de la bandera italiana, la noticia generó confusión e incluso acaloradas discusiones entre comandantes y marineros, aunque los episodios de oposición abierta a la orden fueron escasos. En Tarento, donde estaban estacionados los acorazados Duilio y Doria y un grupo de cruceros, el contralmirante Giovanni Galati (comandante de los cruceros) se negó a cumplir la orden y expresó su deseo de hundir sus barcos, siendo desembarcado y arrestado junto con algunos oficiales subalternos por el almirante Brivonesi, su superior; los barcos del escuadrón de Taranto, bajo el mando del almirante Alberto da Zara , abandonaron la base la mañana del 9 de septiembre y llegaron a Malta el 10, después de que las protestas de las tripulaciones se calmaran gracias a la garantía de que las unidades no serían entregadas a los angloamericanos. Los comandantes de los torpederos Pegaso e Impetuoso, Riccardo Imperiali y Giuseppe Cigala Fulgosi, después de rescatar a los náufragos del Roma y transportar a los heridos a las Islas BalearesDecidieron hundir sus unidades en lugar de llegar a Malta con el resto de la flota.
Los episodios más graves de indisciplina vinculados a las turbulentas fases del armisticio ocurrieron en el Giulio Cesare . El barco, que se encontraba en el astillero Scoglio Olivi en Pola, fue rápidamente rearmado reabasteciendo el suministro de munición previamente desembarcado por razones de seguridad y, equipado con una tripulación reducida, zarpó a las 16:00 del 9 de septiembre sin incidentes con las tropas alemanas estacionadas en Pola y sin que su comandante, el capitán de fragata Vittorio Carminati, revelara el destino y el destino de la unidad. La unidad salió de Pola escoltada por el torpedero Sagittario y la corbeta Urania; justo fuera de la salida del puerto un submarino alemán se había posicionado para emboscar a las unidades italianas, pero fue avistado por el Sagittario, que se lanzó hacia él para embestirlo: el buque tuvo que sumergirse repentinamente y el torpedo lanzado contra el Cesare terminó fuera de objetivo. Las tres unidades navegaron entonces por el Adriático con órdenes de dirigirse a Cattaro en Dalmacia para repostar, ya que el combustible en los tanques del Cesare era insuficiente para llegar a Malta; llegaron noticias de que Trieste y Fiume habían sido ocupadas por los alemanes y, pronto, se interrumpió toda comunicación con el mando regional en Venecia . Según fuentes alemanas, al anochecer del 9 de septiembre, una lancha torpedera de la Kriegsmarine logró acercarse lo suficiente como para intentar lanzar un torpedo contra el acorazado, pero sin alcanzarlo y sin tener conocimiento del ataque a bordo de los buques italianos.
La total incertidumbre sobre el destino del buque hacía temer a muchos tripulantes que el Cesare fuera entregado a los Aliados al llegar a su destino, una circunstancia que muchos oficiales y suboficiales estaban decididos a evitar, incluso hundiendo el barco si fuera necesario. Quienes más defendían esta solución eran el mayor Fornasari (jefe de máquinas), el capitán Spotti y el alférez Tentoni. A las 22:30 del 9 de septiembre, mientras el Cesare y su escolta se encontraban frente a Ancona, a unas 70 millas de la costa, el subjefe Filipponi tomó la iniciativa de pedir, a través del capitán Spotti, al comandante Carminati que aclarara sus intenciones respecto al destino del buque. La respuesta evasiva de Carminati sobre lo que sucedería tras la escala en Cattaro desató una rebelión. A las 02:15 del 10 grupos de hombres armados tomaron el control del barco sin derramamiento de sangre: el comandante fue encerrado en su camarote y puesto bajo vigilancia, mientras que los demás oficiales que le permanecieron leales fueron arrestados en el puente de mando de popa. Fornasari ordenó aumentar la velocidad, dirigiéndose hacia Ortona, y comenzó los preparativos para el autohundimiento colocando cargas explosivas alrededor de las tomas de agua de mar y en las salas de calderas. Sin embargo, Carminati, tras una noche de negociaciones, logró recuperar el control de la situación, asegurando que la escala en Cattaro sería meramente técnica y dando su palabra de honor de que, en caso de entrega a una potencia extranjera, daría la orden de hundir el barco. A las 09:15 del 10 de septiembre, el comandante se dirigió a toda la tripulación, asegurándoles que el barco permanecería bajo bandera y mando italianos, y prometiendo no mencionar el motín para no exponer a los implicados a consecuencias penales.
El Cesare continuó su rumbo hacia Cattaro, siendo avistado por la mañana por un avión de reconocimiento de la Luftwaffe. Alrededor de las 12:15 la pequeña formación italiana se reunió con el buque nodriza de hidroaviones Giuseppe Miraglia, que afortunadamente había escapado de Venecia. El comandante del Miraglia, el capitán Gaetano Correale, superior de Carminati, tomó el mando de la formación. Una hora más tarde, a las 13:15, cinco Stukas lanzaron un ataque contra los buques italianos, quizás creyendo que los cañones antiaéreos del Cesare, desarmado, estaban prácticamente inactivos. En cambio, el buque desató una violenta andanada de fuego sobre los atacantes, desorganizando su formación y obligándolos a lanzar sus proyectiles de forma imprecisa, que terminaron todos en el mar. Durante la acción, el guardiamarina Tentoni, que había sido uno de los más decididos durante el motín anterior, se distinguió por organizar el fuego antiaéreo. Después del ataque, llegó por radio la orden del mando en Brindisi de cancelar la escala en Cattaro, que estaba a punto de caer en manos alemanas, y la formación zarpó hacia Taranto a través del estrecho de Otranto ; quemando las últimas toneladas de diésel en los tanques, el Cesare llegó a la base apuliana a las 14:00 del 11 de septiembre, encontrando Tarento ya ocupada por las tropas británicas que habían desembarcado el 9 de septiembre. A pesar de las garantías iniciales de Carminati, una vez en Tarento los elementos identificados como los principales instigadores del motín del 10 de septiembre fueron denunciados, desembarcados y arrestados. En junio de 1945 una comisión de investigación sobre los hechos ocurridos a bordo del Cesare acusó a Fornasari, al capitán Spotti y al guardiamarina Tentoni de una serie de cargos; Considerando los nobles ideales que inspiraron la rebelión, la Armada, no obstante, mostró una actitud muy comprensiva hacia los protagonistas del motín y el proceso concluyó el 9 de noviembre de 1946 para todos los acusados con la pena de 12 meses de suspensión del servicio, medida que, sin embargo, fue inmediatamente indultada.
Tras repostar, el Cesare zarpó hacia Malta a las 14:00 del 12 de septiembre, junto con el Miraglia. A las 7:25 de la mañana del día siguiente, ambas unidades se encontraron con un escuadrón británico compuesto por el acorazado Warspite y cuatro destructores cerca del cabo Passero . Tras alinearse detrás del acorazado británico, las unidades italianas llegaron a Malta a las 12:00 del mismo día, reincorporándose al resto de la flota, cuyo mando había sido asumido por el almirante da Zara. El Cesare atracó entonces en Marsaxlokk y, en pleno cumplimiento de las cláusulas del armisticio, la bandera italiana no fue arriada y la tripulación italiana permaneció a bordo. Tras los acuerdos entre el mando de la Marina Real y las autoridades aliadas, los buques italianos internados en Malta comenzaron a regresar a Taranto en los primeros días de octubre de 1943, con la excepción de los acorazados que el mando aliado decidió inicialmente dejar en Malta bajo su control directo, pero en junio de 1944 se permitió a los tres acorazados más antiguos regresar al puerto italiano de Augusta con fines de entrenamiento; los dos buques supervivientes de la clase Littorio fueron enviados a Egipto y permanecieron internados en Laghi Amari hasta el final de la guerra, mientras que al Cesare y a los dos Duilios solo se les autorizó a regresar el 17 de junio de 1944. El Cesare echó anclas en Taranto el día 28 después de una escala de diez días en Augusta. Una vez en Taranto, el acorazado fue colocado nuevamente en la "tabla de armamento reducido" y no realizó ninguna otra actividad hasta el final de la guerra.
En total, durante el conflicto, el Cesare completó 38 misiones de guerra, de las cuales 8 fueron de búsqueda del enemigo, 2 de escolta de convoyes y protección del tráfico nacional, 14 de traslados y 14 de ejercicios, para un total de 16.947 millas recorridas y 912 horas de movimiento completadas.