En la noche del 8 de febrero, los informes holandeses de Rantau indicaron que uno de sus barcos navegaba a lo largo del río hacia Banjarmasin con las luces apagadas. Sin excluir la posibilidad de que pudiera tener tropas japonesas a bordo, Halkema ordenó al capitán van Epen que enviara tres brigadas (un recluta y dos Stadswacht, reforzados con una ametralladora y una ligera Madsen) en barcazas de vapor desde Oelin hasta Negara para evitar que los japoneses atacaran Banjarmasin a través del río Barito, antes de volver a Oelin. A las 22:00 Halkema ordenó la destrucción de Banjarmasin y Pelaihari. Cuando comenzó la destrucción, y con ella, el vandalismo, se le recomendó al gobernador Haga que abandonara la ciudad, pero insistió en que no lo haría hasta las 23:30. Posteriormente, el gobernador Haga partió hacia Moearatewe, y luego hacia el norte, hasta Poeroektjaoe.
Dos días antes ter Poorten había encargado a Doup como teniente coronel y lo había designado como sucesor de Halkema, citando el estado de salud de este último (reumatismo) y el desequilibrio mental. Doup salió de Surabaya el 8 de febrero, pero cuando su avión llegó a la costa de Borneo a la 01:00, vio grandes incendios en la desembocadura del río Barito, donde estaría Banjarmasin. Como el operador de radio no pudo hacer contacto con fuerzas amigas, el piloto, el teniente Onyx se negó a aterrizar. Finalmente, Onyx voló con Doup al aeródromo de Samarinda II; la falta de contacto se debe a la destrucción de la estación de radio en el aeródromo de Oelin. Doup finalmente regresó a Java. Después de enviar las órdenes de destrucción, Halkema y algunos oficiales de personal se dirigieron al aeródromo de Oelin para entregar el mando a su sucesor. En el aeródromo, vio un avión que sobrevoló en círculos sobre el aeródromo varias veces antes de partir sin intentar aterrizar.
Mientras Halkema conducía hacia Oelin, parte de su personal había comenzado a embarcarse en los barcos Irene y Otto. Ambos barcos se dirigieron a vapor hacia Schans van Tuyl (unión del río Martapoera (Martapura) y el río Barito), donde esperaron instrucciones. Mientras tanto, el capitán del puerto de Banjarmasin ordenó que un barco se dirigiera a Takisoeng, una ciudad costera al sur de Banjarmasin, donde estaría disponible para la disposición de Halkema. Desde Schans van Tuyl, Irene y Otto finalmente se dirigieron hacia Java, llevando consigo a refugiados holandeses de Banjarmasin y parte del personal de Halkema. Después de ver partir el avión de Doup, Halkema condujo en dirección a Takisoeng, donde llegó a la desembocadura del río Barito el 9 de febrero. Por la noche, apareció un barco Borsumij (Borneo Sumatera Maatschappij; Compañía de Borneo) con el resto del personal que no se embarcó en el Irene y Otto. Después de abordar Halkema, el barco recibió un telegrama de Bandung, ordenándoles que se dirigieran hacia el oeste a Kotawaringin y esperaran más instrucciones allí.
El barco Borsumij zarpó a las 19:00 horas; las fuerzas holandesas que lograron escapar a Kotawaringin en ese momento sólo contaban con 75 soldados. Después de atracar en Kotawaringin el 11, Halkema y otro personal no esencial partieron en avión hacia Java el 12 de febrero, mientras que los soldados de infantería al mando del capitán W.C.A. van Beek reforzó las fuerzas en el aeródromo. De vuelta en el aeródromo de Oelin, el capitán Bolderhey esperó hasta el 9 de febrero a que llegara el vuelo de Doup, sin saber que ya lo había hecho el día anterior. Al caer la noche del 9, decidió dejar el aeródromo y dirigirse hacia el norte, a Koeala Kapoeas. La actitud hostil de la población local, junto con las deserciones, hizo que la lucha guerrillera fuera una opción. Con menos opciones a mano, Bolderhey decidió intentar llegar a Java. El 11 él y sus tropas partieron en un pequeño bote de 17 metros, junto con otros 180 civiles holandeses (incluidas 20 mujeres). Después de navegar durante seis días, Bolderhey deembarcó en Madura.
La Unidad de Yamamoto, una vez que salió de la jungla, intentó perseguir a las fuerzas holandesas en retirada, pero el avance había dispersado a su fuerza. Sin embargo, una compañía avanzada dirigida por el capitán Kataoka compitió con la de ingenieros en ser la primera en expulsar a los holandeses. A medida que avanzaba la Unidad Terrestre obtuvieron bicicletas, vehículos y provisiones de mucha población local que los apoyaba. A las 09:00 horas del 10 de febrero, Kataoka, con la compañía de ingenieros, se apoderó del aeródromo de Oelin sin hallar resistencia. Al anochecer, la Unidad había ocupado Banjarmasin.