Durante el levantamiento, 13.000 judíos fueron asesinados en el gueto (unos 6.000 de ellos fueron quemados vivos o murieron por inhalación de humo). De los 50.000 residentes restantes, casi todos fueron capturados y enviados a los campos de exterminio de Majdanek y Treblinka.
El informe diario interno de las SS de Jürgen Stroop para Friedrich Krüger, escrito el 16 de mayo de 1943, afirmaba:
180 judíos, bandidos y subhumanos, fueron destruidos. El antiguo barrio judío de Varsovia ya no existe. La acción a gran escala terminó a las 20:15 horas con la voladura de la sinagoga de Varsovia. ... El número total de judíos a los que se hizo frente fue de 56.065, incluidos los judíos capturados y los judíos cuyo exterminio se puede probar. ... Aparte de 8 edificios (cuarteles de policía, hospital y alojamientos para grupos de trabajadores), el antiguo gueto está completamente destruido. Sólo quedan en pie los muros divisorios, donde no se produjeron explosiones.
Según las listas de bajas del informe de Stroop, las fuerzas alemanas sufrieron un total de 110 bajas, de los cuales 101 están enumerados por nombre, incluidos más de 60 miembros de las Waffen-SS: 17 muertos (de los cuales 16 murieron en acción) y 93 heridos. Estas cifras no incluyen a los colaboradores judíos, pero sí a los "hombres de Trawniki" y a la policía polaca bajo su mando.
Otras fuentes han puesto en duda las bajas alemanas. Edelman afirma que ascendieron a 300 muertos y heridos. Las cifras oficiales alemanas se mantuvieron bajas, mientras que los boletines de propaganda del Estado clandestino polaco afirmaban que cientos de ocupantes habían muerto en los combates. Pero según Israel Gutman, "la cifra citada por Stroop (16 muertos, 85 heridos) no puede ser rechazada de plano, pero es probable que su lista no fuera completa, libre de errores, ni indicativa de las pérdidas alemanas a lo largo de todo el período de resistencia, hasta la liquidación absoluta del gueto. De todos modos, las cifras de bajas alemanas citadas por las diversas fuentes judías son probablemente muy exageradas". Otros historiadores como Raul Hilberg también confirman la exactitud de las cifras oficiales de bajas alemanas.
El Levantamiento del Gueto de Varsovia fue la mayor revuelta de judíos durante la Segunda Guerra Mundial.
Después de que el levantamiento terminó, la mayoría de las casas incineradas fueron arrasadas y se creó el complejo de campos de concentración de Varsovia en su lugar. Miles de personas murieron en él o fueron ejecutadas en las ruinas del gueto. Las SS persiguieron a los judíos que se escondían en las ruinas. El 19 de abril de 1943, el primer día del período más significativo de la resistencia, 7.000 judíos fueron transportados desde el gueto de Varsovia a Treblinka. Muchos supuestamente desarrollaron grupos de resistencia y ayudaron a planificar y ejecutar la revuelta y la fuga masiva del 2 de agosto de 1943. Desde mayo de 1943 hasta agosto de 1944, las ejecuciones en las ruinas del gueto fueron llevadas a cabo por:
Oficiales de la instalación del SD de Varsovia y la policía de seguridad, bajo la supervisión del Dr. Ludwig Hahn, cuya sede estaba ubicada en la Avenida Szuch;
Miembros del personal de Pawiak;
Miembros del personal de KL Warschau;
Hombres de las SS del Tercer Batallón del 23.º Regimiento de las SS y de la Policía (Batallón III/Regimiento SS-Polizei 23), comandados por el mayor Otton Bundtke.
Las ejecuciones abiertas y secretas llevadas a cabo en Varsovia fueron dirigidas por el SS-Obersturmführer Norbert Bergh-Trips, el SS-Haupturmführer Paul Werner y el SS-Obersturmführer Walter Witossek. Este último a menudo presidía el "trío" policial, firmando sentencias de muerte en masa para prisioneros políticos polacos, que luego eran pronunciadas por el tribunal ad hoc de la policía de seguridad.
En octubre de 1943, Bürkl fue juzgado y condenado a muerte en ausencia por el tribunal clandestino de la Resistencia polaca, y asesinado a tiros por el AK en Varsovia, como parte de la Operación Cabezas que tenía como objetivo a notorios oficiales de las SS. Ese mismo mes, von Sammern-Frankenegg murió en una emboscada en Croacia. Himmler, Globocnik y Krüger se suicidaron al final de la guerra en Europa, en mayo de 1945.
El gobernador del gobierno general de Varsovia en el momento del levantamiento, el Dr. Ludwig Fischer, fue juzgado y ejecutado en 1947. Stroop fue capturado por los estadounidenses en Alemania, condenado por crímenes de guerra y ejecutado en la horca en Polonia en 1952, junto con el administrador de la SS del gueto de Varsovia, Franz Konrad. El ayudante de Stroop, Erich Steidtmann, fue exonerado por "participación mínima"; murió en 2010 mientras estaba siendo investigado por crímenes de guerra. El SS Sturmbannführer Hermann Höfle, que ayudó a llevar a cabo la Grossaktion Varsovia de julio de 1942, se suicidó tras ser arrestado en 1962. Walter Bellwidt, que mandaba un batallón de las Waffen-SS de las fuerzas de Stroop, murió el 13 de octubre de 1965. Hahn se ocultó hasta 1975, cuando fue detenido y condenado a cadena perpetua por crímenes contra la humanidad; cumplió ocho años y murió en 1986. El SS Oberführer Arpad Wigand, que sirvió con von Sammern-Frankenberg como jefe de las SS y la policía en Varsovia del 4 de agosto de 1941 al 23 de abril de 1943, fue juzgado por crímenes de guerra en Hamburgo, Alemania, en 1981 y condenado a 12,5 años de prisión; murió el 26 de julio de 1983. Walter Reder, al parecer, sirvió en el Batallón de Entrenamiento de Granaderos Panzer III de las SS; cumplió una condena de prisión en Italia de 1951 a 1985 por crímenes de guerra cometidos en 1944 en Italia y murió en 1991. Josef Blösche fue juzgado por crímenes de guerra y ejecutado en 1969. Heinrich Klaustermeyer fue juzgado por crímenes de guerra en 1965 y condenado a cadena perpetua. En 1976, fue liberado de prisión debido a un cáncer avanzado y murió 13 días después.