Inmediatamente después de la ocupación, las unidades de policía alemanas realizaron arrestos basados en listas de individuos considerados subversivos, incluidos intelectuales judíos griegos y todo el consejo de la comunidad judía de Salónica. El Einsatzstab Reichsleiter Rosenberg (una organización del Partido Nazi dedicada al robo de bienes culturales durante la Segunda Guerra Mundial. Fue dirigido por el principal ideólogo del Partido Nazi, Alfred Rosenberg) estudió los activos judíos una semana después de la ocupación. Para ganarse el favor de los alemanes, el primer ministro colaboracionista Georgios Tsolakoglou anunció que había un "problema judío" en Grecia (el término no formaba parte del discurso de preguerra) y agregó que "esta cuestión se resolverá definitivamente en el marco de todo el Nuevo Orden en Europa".
La confiscación de todo tipo de bienes tanto de judíos como de no judíos se llevó a cabo a gran escala; Los judíos ricos fueron arrestados y sus negocios expropiados. Durante el primer año de ocupación, los judíos compartieron las mismas dificultades que otros griegos, incluida la hambruna griega de 1941 y la hiperinflación. El mercado negro estaba muy extendido a pesar de ser punible con la ejecución inmediata. La hambruna afectó de manera desproporcionada a los judíos griegos, ya que muchos eran obreros urbano y carecían de conexiones con el campo. En Salónica, las fuerzas de ocupación alemanas intentaron exacerbar las divisiones entre los judíos griegos y la población cristiana, alentando a los periódicos a publicar material antisemita y reactivando la EEE (Unión Nacional de Grecia, un partido nacionalista antisemita creado en Tesalónica, Grecia, en 1927), que Metaxas había prohibido. En la zona de ocupación búlgara, cientos de judíos tracios fueron forzados a formar parte de batallones de trabajo búlgaros, escapando así del hambre y la deportación de los judíos tracios en 1943. En Macedonia, todos los judíos recién llegados, en su mayoría unos pocos cientos de refugiados de Yugoslavia, fueron obligados a registrarse con la policía en noviembre de 1941. Un puñado fue inmediatamente puesto bajo custodia alemana, deportado y ejecutado.
Colaboradores griegos proporcionaron los nombres de presuntos comunistas a las autoridades alemanas, quienes los retuvieron como rehenes y los ejecutaron en represalia por sus actividades de resistencia. Los judíos estaban sobrerrepresentados entre estas víctimas. En la segunda mitad de 1941, las propiedades judías en Salónica fueron confiscadas a gran escala para realojar a los cristianos cuyas residencias habían sido destruidas por los bombardeos o que habían huido de la zona de ocupación búlgara. En febrero de 1942, el gobierno colaboracionista accedió a las demandas alemanas y despidió al oficial de alto rango Georgios D. Daskalakis debido a su supuesta ascendencia judía. Poco después acordó prohibir a todos los judíos salir del país a petición de Alemania.
El 11 de julio de 1942, 9.000 hombres judíos fueron detenidos para registrarse en la plaza Eleftherias de Salónica, en una operación conjunta de Alemania y el gobierno colaboracionista griego. Los judíos reunidos fueron públicamente humillados y obligados a realizar ejercicios. Después de este registro, hasta 3.500 hombres judíos fueron reclutados en batallones de trabajo por la Organización Todt, una organización de ingeniería civil y militar nazi. Los gendarmes griegos protegieron a los trabajadores forzados mientras eran trasladados a los lugares de trabajo y ex militares griegos supervisaban los proyectos de trabajo. Las condiciones eran tan duras que cientos de judíos murieron. Algunos escaparon, pero los alemanes dispararon a otros en represalia. Ni las autoridades griegas ni la Iglesia Ortodoxa realizaron ninguna protesta. Como rescate por los trabajadores, la comunidad judía pagó dos mil millones de dracmas y entregó el extenso cementerio judío de Salónica, que la administración de la ciudad había estado tratando de obtener durante años. El municipio de Salónica destruyó el cementerio a partir de diciembre de 1942, y la ciudad y la Iglesia ortodoxa griega utilizaron muchas de las lápidas para la construcción. A fines de 1942, más de mil judíos habían huido de Salónica a Atenas, en su mayoría ricos, ya que el viaje costó 150 000 dracmas (300 libras esterlinas, equivalente a 15 000 libras esterlinas en 2021).

Redada de 9.000 judíos en Salónica, 11 de julio de 1942
https://en.wikipedia.org/wiki/The_Holocaust_in_Greece