La ideología chetnik englobaba la idea de una Gran Serbia, que se lograría mediante la limpieza étnica de musulmanes y croatas con el fin de crear áreas étnicamente homogéneas. La mayoría de los documentos de la dirigencia chetnik enfatizaban la "limpieza", el "reasentamiento" o el "desplazamiento" de las poblaciones no serbias, así como las ejecuciones de "traidores", que se convirtieron en asesinatos en masa de croatas y musulmanes. En al menos un documento, se mencionaba la destrucción total de los grupos étnicos y que "los musulmanes de Bosnia, Herzegovina y Croacia debían ser liquidados".
El 30 de junio de 1941 Stevan Moljević, abogado y miembro del Club Cultural Serbio, escribió el memorándum de la Serbia Homogénea, en el que pedía la creación de una Gran Serbia y la limpieza étnica de la población no serbia. Dos meses después, se convirtió en miembro del Comité Nacional Chetnik. En una carta al ideólogo chetnik Dragiša Vasić en diciembre de ese año repitió sus ideas y propuso "limpiar el país de todos los elementos no serbios". En otra carta a Vasić en febrero de 1942, señaló: "luego, desde dentro, se debe llevar a cabo la limpieza del país de todos los elementos no serbios. Los malhechores deben ser castigados en el lugar, y para el resto debe abrirse el camino: para los croatas a Croacia y para los musulmanes a Turquía (o Albania)". Estas tendencias se confirmaron y desarrollaron en documentos posteriores.
El historiador Mark Levin sugirió que no hay evidencia de que las masacres cometidas por los chetniks sean una consecuencia directa de los escritos de Moljević. El discurso de Moljević era similar al formulado por el Comité Chetnik de Belgrado y presentado al gobierno yugoslavo en el exilio en septiembre de 1941. El programa estaba dividido en cuatro partes. En el artículo II, Mihajlović propuso un plan para el período de posguerra:
-castigar a todos aquellos que de manera criminal habían servido al enemigo y que voluntariamente habían estado trabajando por la aniquilación del pueblo serbio;
-trazar las fronteras "de facto" de las tierras serbias y hacer que solo los habitantes serbios permanecieran en ellas;
prestar especial atención a la limpieza rápida y radical de las ciudades y a su llenado con nuevos elementos serbios;
-preparar un plan para la limpieza o el traslado de la población campesina con el fin de lograr el objetivo de homogeneidad de la comunidad estatal serbia;
-en la comunidad serbia, prestar atención especialmente a la cuestión de los musulmanes y resolverla en esta fase.
Aunque el origen del documento y su conexión con Mihailović son objeto de controversia, muestra cómo se pretendía alcanzar el objetivo básico de los chetniks. Un documento de marzo de 1942 de la División Chetnik Dinara, activa en el norte de Dalmacia, siguió de cerca el memorando de diciembre de 1941. El documento exigía la creación de una Gran Serbia con una población exclusivamente serbia y la limpieza de Dalmacia, Lika, Bosnia y Herzegovina de croatas y musulmanes.
En una carta de mayo de 1942, Vasić elogió el escrito de Moljević como una idea muy interesante. Vasić argumentó que "la cuestión de una Serbia homogénea, que tendrá que incluir todas las áreas en las que viven los serbios hoy, está fuera de discusión". Señaló que los chetniks carecían de la fuerza para llevar a cabo la limpieza étnica planificada durante la guerra, y concluyó que debería hacerse en los años posteriores al final de la msima: "En consecuencia, si somos inteligentes, esta cuestión de limpieza o reasentamiento e intercambio de poblaciones no será tan difícil". El diario de Mihailović de la primavera de 1942 dice: "La población musulmana ha llegado a una situación en la que nuestro pueblo ya no desea tenerlos entre nosotros. Es necesario ya ahora preparar su éxodo a Turquía o a cualquier otro lugar fuera de nuestras fronteras". Un manual chetnik de diciembre de 1942 analizaba la "venganza" contra los croatas al final de la guerra y en sus secuelas: "No hay que temer que la retribución que se ha llevado a cabo de esta manera no sea completa en cuanto al número de ejecutados. Si no hay más, entonces hay por lo menos tantos francos y miembros de cierta intelectualidad como serbios asesinados."
En una carta del 13 de febrero de 1943, el comandante del Cuerpo Chetnik Ozren, enviada al comandante del destacamento chetnik de Zenica, se hacía referencia a las instrucciones de diciembre de 1941:
Quizás estos objetivos les parezcan grandes e inalcanzables a usted y a sus combatientes. Recuerden las grandes batallas por la libertad bajo el liderazgo de Karađorđe. Serbia estaba llena de turcos (musulmanes). En Belgrado y otras ciudades serbias, los minaretes musulmanes eran prominentes y los turcos realizaban sus malolientes purificaciones frente a las mezquitas como lo están haciendo ahora en Bosnia y Herzegovina serbia. En ese momento, nuestra patria estaba desbordada de cientos de miles de musulmanes. Paseen por Serbia hoy. No encontraréis en ninguna parte a un solo turco (musulmán), ni siquiera encontraréis una tumba, ni siquiera una lápida musulmana (...) Ésta es la mejor prueba y la mayor garantía de que triunfaremos en la santa batalla de hoy y de que exterminaremos a todos los turcos de estas, nuestras tierras serbias. No quedará entre nosotros ni un solo musulmán (...) Los campesinos y otra gente "menor" serán trasladados a Turquía. Nuestro gobierno en Londres, utilizando al gobierno aliado y benévolo de Inglaterra, se esforzará por obtener la aprobación del gobierno turco con respecto a esto (...) Todos los católicos que pecaron contra nuestro pueblo en nuestros días trágicos, así como todos los intelectuales y los ricos, serán destruidos sin piedad. Perdonaremos al pueblo campesino así como a la clase trabajadora baja y haremos de ellos verdaderos serbios. Los convertiremos a la ortodoxia por las buenas o por las malas. Ésos son los objetivos de nuestra gran batalla y cuando llegue el momento crucial, se lograrán. Ya lo hemos logrado en algunas partes de nuestra patria.