Al ver el colapso de Alemania y ser consciente de que el ejército croata no podía resistir a los comunistas, Pavelić comenzó a trasladar a sus fuerzas hacia Austria, lo que provocó que varias decenas de miles de soldados croatas y civiles iniciaran una gran marcha hacia el norte sin una estrategia clara. Pavelić abandonó el país el 6 de mayo de 1945 y el 8 convocó una reunión final del gobierno del NDH en Rogaška Slatina. En la reunión, el general Alexander Löhr informó al gobierno de la capitulación de Alemania y entregó el mando de las fuerzas del NDH a Pavelić. Pavelić posteriormente nombró comandante al general Vjekoslav Luburić. Más tarde ese día, el convoy de Pavelić pasó a la zona de ocupación soviética en Austria, separado del resto del gobierno de la NDH, que fue a la zona de ocupación británica. El grupo llegó a la zona de ocupación estadounidense y el 18 de mayo llegó al pueblo de Leingreith, cerca de Radstadt, donde la esposa de Pavelić, Mara, y sus dos hijas vívían desde que abandonar Croacia en diciembre de 1944.
El 8 de mayo Pavelić ordenó que las columnas de NDH continuaran hacia Austria y que se negaran a rendirse al ejército yugoslavo que avanzaba, y en cambio planearon rendirse a los británicos. Sin embargo, en cambio, fueron rechazados en las repatriaciones de Bleiburg a mediados de mayo, y muchos fueron asesinados posteriormente por el ejército yugoslavo. La gran cantidad de civiles ralentizó la retirada, hizo que la rendición fuera inviable para los aliados y, en última instancia, llevó a creer que no eran más que un escudo humano para los ustashas. Por su abandono de los soldados y civiles croatas, los emigrantes croatas acusarían a Pavelić de cobardía.
La familia Pavelić luego vivió en la Zona de Ocupación estadounidense. Aunque Pavelić contactó con la inteligencia estadounidense, ni ellos ni sus homólogos británicos lo arrestaron. Varios miembros del gobierno del NDH fueron ejecutados tras un juicio de un día en Zagreb el 6 de junio. Poco después de esto, Pavelić se mudó al pueblo de Tiefbrunau, más cerca de Salzburgo. En septimbre, los funcionarios estadounidenses, creyendo que la familia eran refugiados y desconociendo su identidad, los reasentaron en el pueblo de St. Gilgen. Después de St Gilgen, Pavelić se quedó con la familia de un revolucionario macedonio de antes de la guerra durante varias semanas antes de establecerse en Obertrum. Pavelić permaneció allí hasta abril de 1946.
Entró en Italia disfrazado de sacerdote con pasaporte peruano. Pasando por Venecia y Florencia, llegó a Roma en la primavera de 1946 disfrazado de sacerdote católico y con el nombre de Pedro Gonner. A su llegada a Roma el Vaticano le dio albergue y se alojó en varias residencias que pertenecían al Vaticano mientras estuvo en Roma, donde comenzó a reunir a sus asociados. Pavelić formó el Comité Estatal de Croacia (Hrvatski državni odbor) encabezado por Lovro Sušić, Mate Frković y Božidar Kavran.
Tito y su nuevo gobierno comunista acusaron a la Iglesia Católica de proteger a Pavelić, quien, según afirmaron, junto con los "imperialistas" occidentales, querían "revivir el nazismo" y apoderarse de la Europa oriental comunista. La prensa yugoslava afirmó que Pavelić se había quedado en la residencia papal de verano en Castel Gandolfo, mientras que la CIA afirmó que se alojó en un monasterio cerca de la residencia papal en el verano y otoño de 1948. Durante algún tiempo, Pavelić se escondió en una casa jesuita cerca de Nápoles. En el otoño de 1948 conoció a Krunoslav Draganović, un sacerdote católico romano, quien lo ayudó a obtener un pasaporte de la Cruz Roja con el nombre húngaro de Pál Aranyos. Supuestamente, Draganović planeó entregar a Pavelić a la policía italiana, pero Pavelić evitó la captura y huyó a Argentina.
Pavelić llegó a Buenos Aires el 6 de noviembre de 1948, donde inicialmente vivió con el ex ustašha y escritor Vinko Nikolić. En Buenos Aires Pavelić se reunió con su hijo Velimir y su hija Mirjana. Poco después, también llegaron su esposa María y su hija mayor, Višnja. Pavelić asumió un empleo como asesor de seguridad del presidente argentino Juan Perón. Los documentos de llegada de Pavelić muestran el nombre falso de Pablo Aranjos, que siguió usando. En 1950 Pavelić fue amnistiado y se le permitió permanecer en Argentina junto con otros 34.000 croatas, incluidos antiguos colaboradores nazis y aquellos que habían huido del avance aliado. Después de esto, Pavelić volvió a su seudónimo anterior Antonio Serdar y continuó viviendo en Buenos Aires.
Como para la mayoría de los otros inmigrantes políticos en Argentina, la vida era dura y tenía que trabajar (como albañil). Su mejor contacto con los Perón fue otro ex ustašha, Branko Benzon, quien tenía buenas relaciones con Evita Perón, esposa del presidente. Benzon había sido brevemente embajador de Croacia en Alemania durante la Segunda Guerra Mundial y había conocido personalmente a Hitler, lo que benefició las relaciones croata-alemanas. Gracias a la amistad de Benzon con Evita, Pavelić se convirtió en propietario de una influyente empresa constructora. No mucho después de llegar, se unió a la organización "Guardia local croata" (Hrvatski domobran) relacionada con los ustashas
A fines de la década de 1940, muchos ex ustashas se separaron de Pavelić porque creían que los croatas, ahora en nuevas circunstancias, necesitaban una nueva dirección política. Muchos de los que se separaron de Pavelić continuaron llamándose ustashas y buscaron el renacimiento del Estado Independiente de Croacia. El más conocido de estos separatistas fue el ex oficial ustasha y jefe de la red de campos de exterminio y concentración del NDH, Vjekoslav Luburić, que vivía en España. Pavelić trató de expandir las actividades de esta organización y en 1950 fundó el Partido Estatal de Croacia, que dejó de existir ese año.
El 10 de abril de 1951, en el 10o aniversario del Estado Independiente de Croacia, Pavelić anunció el Gobierno del Estado de Croacia. Este nuevo gobierno se consideraba un gobierno en el exilio. Otros emigrantes ustashas continuaron llegando a Argentina y se unieron bajo el liderazgo de Pavelić, aumentando sus actividades políticas. El mismo Pavelić permaneció políticamente activo, publicando varias declaraciones, artículos y discursos en los que afirmaba que el régimen comunista yugoslavo promovía la hegemonía serbia. En 1954 Pavelić se reunió con Milan Stojadinović, ex primer ministro yugoslavo, que también vivía en Buenos Aires. El tema de su reunión fue tratar de encontrar una solución a la histórica conciliación entre serbios y croatas. La reunión suscitó controversia, pero no tuvo ningún significado práctico. El 8 de junio de 1956, Pavelić y otros inmigrantes ustashas fundaron el Movimiento de Liberación de Croacia (Hrvatski oslobodilački pokret o HOP), cuyo objetivo era restablecer el nazismo y el NDH. El HOP se vio a sí mismo como "un adversario decidido del comunismo, el ateísmo y el yugoslavismo en cualquier forma posible".
El 10 de abril de 1957, el 16º aniversario de la fundación del Estado Independiente de Croacia, Pavelić resultó gravemente herido en un intento de asesinato por parte del serbio Blagoje Jovović, propietario de un hotel y ex oficial real yugoslavo que había luchado con los chetniks montenegrinos durante la guerra. Jovović había intentado asesinar a Pavelić varias veces, planeándolo ya en 1946, cuando supo que Pavelić estaba escondido dentro del Vaticano. Jovović le disparó a Pavelić en la espalda y la clavícula mientras este último salía de un autobús en El Palomar, un suburbio de Buenos Aires, cerca de su casa. Pavelić fue trasladado al hospital sirio-libanés, donde se descubrió su verdadera identidad. Después de la caída del poder de Perón, Pavelić perdió el favor del gobierno argentino; Yugoslavia volvió a solicitar su extradición. Pavelić se negó a permanecer en el hospital, a pesar de que tenía una bala alojada en la columna. Dos semanas después del tiroteo, cuando las autoridades argentinas aceptaron acceder a la solicitud de extradición del gobierno yugoslavo, se mudó a Chile. Pasó cuatro meses en Santiago y luego se mudó a España. Circularon informes de que Pavelić había huido a Paraguay para trabajar para el régimen de Stroessner; su asilo español no se conoció hasta finales de 1959.
Pavelić llegó a Madrid el 29 de noviembre de 1957. Continuó los contactos con miembros del Movimiento de Liberación de Croacia y recibió visitantes de todo el mundo. Pavelić vivía en secreto con su familia, probablemente por acuerdo con las autoridades españolas. Aunque se le concedió asilo, las autoridades españolas no le permitieron realizar apariciones públicas. A mediados de 1958 envió un mensaje desde Madrid a la Asamblea de Sociedades Croatas en Munich. Expresó su deseo de que todos los croatas se unan con el objetivo de restablecer el Estado Independiente de Croacia. Algunos grupos se distanciaron de Pavelić y otros lo hicieron después de su muerte. En su testamento, nombró a Stjepan Hefer como su sucesor como presidente del Movimiento de Liberación de Croacia. Pavelić murió el 28 de diciembre de 1959 en el Hospital Alemán de Madrid a la edad de 70 años a causa de las heridas sufridas en el intento de asesinato de Jovović. Fue enterrado en el cementerio de San Isidro.
El 8 de mayo Pavelić ordenó que las columnas de NDH continuaran hacia Austria y que se negaran a rendirse al ejército yugoslavo que avanzaba, y en cambio planearon rendirse a los británicos. Sin embargo, en cambio, fueron rechazados en las repatriaciones de Bleiburg a mediados de mayo, y muchos fueron asesinados posteriormente por el ejército yugoslavo. La gran cantidad de civiles ralentizó la retirada, hizo que la rendición fuera inviable para los aliados y, en última instancia, llevó a creer que no eran más que un escudo humano para los ustashas. Por su abandono de los soldados y civiles croatas, los emigrantes croatas acusarían a Pavelić de cobardía.
La familia Pavelić luego vivió en la Zona de Ocupación estadounidense. Aunque Pavelić contactó con la inteligencia estadounidense, ni ellos ni sus homólogos británicos lo arrestaron. Varios miembros del gobierno del NDH fueron ejecutados tras un juicio de un día en Zagreb el 6 de junio. Poco después de esto, Pavelić se mudó al pueblo de Tiefbrunau, más cerca de Salzburgo. En septimbre, los funcionarios estadounidenses, creyendo que la familia eran refugiados y desconociendo su identidad, los reasentaron en el pueblo de St. Gilgen. Después de St Gilgen, Pavelić se quedó con la familia de un revolucionario macedonio de antes de la guerra durante varias semanas antes de establecerse en Obertrum. Pavelić permaneció allí hasta abril de 1946.
Entró en Italia disfrazado de sacerdote con pasaporte peruano. Pasando por Venecia y Florencia, llegó a Roma en la primavera de 1946 disfrazado de sacerdote católico y con el nombre de Pedro Gonner. A su llegada a Roma el Vaticano le dio albergue y se alojó en varias residencias que pertenecían al Vaticano mientras estuvo en Roma, donde comenzó a reunir a sus asociados. Pavelić formó el Comité Estatal de Croacia (Hrvatski državni odbor) encabezado por Lovro Sušić, Mate Frković y Božidar Kavran.
Tito y su nuevo gobierno comunista acusaron a la Iglesia Católica de proteger a Pavelić, quien, según afirmaron, junto con los "imperialistas" occidentales, querían "revivir el nazismo" y apoderarse de la Europa oriental comunista. La prensa yugoslava afirmó que Pavelić se había quedado en la residencia papal de verano en Castel Gandolfo, mientras que la CIA afirmó que se alojó en un monasterio cerca de la residencia papal en el verano y otoño de 1948. Durante algún tiempo, Pavelić se escondió en una casa jesuita cerca de Nápoles. En el otoño de 1948 conoció a Krunoslav Draganović, un sacerdote católico romano, quien lo ayudó a obtener un pasaporte de la Cruz Roja con el nombre húngaro de Pál Aranyos. Supuestamente, Draganović planeó entregar a Pavelić a la policía italiana, pero Pavelić evitó la captura y huyó a Argentina.
Pavelić llegó a Buenos Aires el 6 de noviembre de 1948, donde inicialmente vivió con el ex ustašha y escritor Vinko Nikolić. En Buenos Aires Pavelić se reunió con su hijo Velimir y su hija Mirjana. Poco después, también llegaron su esposa María y su hija mayor, Višnja. Pavelić asumió un empleo como asesor de seguridad del presidente argentino Juan Perón. Los documentos de llegada de Pavelić muestran el nombre falso de Pablo Aranjos, que siguió usando. En 1950 Pavelić fue amnistiado y se le permitió permanecer en Argentina junto con otros 34.000 croatas, incluidos antiguos colaboradores nazis y aquellos que habían huido del avance aliado. Después de esto, Pavelić volvió a su seudónimo anterior Antonio Serdar y continuó viviendo en Buenos Aires.
Como para la mayoría de los otros inmigrantes políticos en Argentina, la vida era dura y tenía que trabajar (como albañil). Su mejor contacto con los Perón fue otro ex ustašha, Branko Benzon, quien tenía buenas relaciones con Evita Perón, esposa del presidente. Benzon había sido brevemente embajador de Croacia en Alemania durante la Segunda Guerra Mundial y había conocido personalmente a Hitler, lo que benefició las relaciones croata-alemanas. Gracias a la amistad de Benzon con Evita, Pavelić se convirtió en propietario de una influyente empresa constructora. No mucho después de llegar, se unió a la organización "Guardia local croata" (Hrvatski domobran) relacionada con los ustashas
A fines de la década de 1940, muchos ex ustashas se separaron de Pavelić porque creían que los croatas, ahora en nuevas circunstancias, necesitaban una nueva dirección política. Muchos de los que se separaron de Pavelić continuaron llamándose ustashas y buscaron el renacimiento del Estado Independiente de Croacia. El más conocido de estos separatistas fue el ex oficial ustasha y jefe de la red de campos de exterminio y concentración del NDH, Vjekoslav Luburić, que vivía en España. Pavelić trató de expandir las actividades de esta organización y en 1950 fundó el Partido Estatal de Croacia, que dejó de existir ese año.
El 10 de abril de 1951, en el 10o aniversario del Estado Independiente de Croacia, Pavelić anunció el Gobierno del Estado de Croacia. Este nuevo gobierno se consideraba un gobierno en el exilio. Otros emigrantes ustashas continuaron llegando a Argentina y se unieron bajo el liderazgo de Pavelić, aumentando sus actividades políticas. El mismo Pavelić permaneció políticamente activo, publicando varias declaraciones, artículos y discursos en los que afirmaba que el régimen comunista yugoslavo promovía la hegemonía serbia. En 1954 Pavelić se reunió con Milan Stojadinović, ex primer ministro yugoslavo, que también vivía en Buenos Aires. El tema de su reunión fue tratar de encontrar una solución a la histórica conciliación entre serbios y croatas. La reunión suscitó controversia, pero no tuvo ningún significado práctico. El 8 de junio de 1956, Pavelić y otros inmigrantes ustashas fundaron el Movimiento de Liberación de Croacia (Hrvatski oslobodilački pokret o HOP), cuyo objetivo era restablecer el nazismo y el NDH. El HOP se vio a sí mismo como "un adversario decidido del comunismo, el ateísmo y el yugoslavismo en cualquier forma posible".
El 10 de abril de 1957, el 16º aniversario de la fundación del Estado Independiente de Croacia, Pavelić resultó gravemente herido en un intento de asesinato por parte del serbio Blagoje Jovović, propietario de un hotel y ex oficial real yugoslavo que había luchado con los chetniks montenegrinos durante la guerra. Jovović había intentado asesinar a Pavelić varias veces, planeándolo ya en 1946, cuando supo que Pavelić estaba escondido dentro del Vaticano. Jovović le disparó a Pavelić en la espalda y la clavícula mientras este último salía de un autobús en El Palomar, un suburbio de Buenos Aires, cerca de su casa. Pavelić fue trasladado al hospital sirio-libanés, donde se descubrió su verdadera identidad. Después de la caída del poder de Perón, Pavelić perdió el favor del gobierno argentino; Yugoslavia volvió a solicitar su extradición. Pavelić se negó a permanecer en el hospital, a pesar de que tenía una bala alojada en la columna. Dos semanas después del tiroteo, cuando las autoridades argentinas aceptaron acceder a la solicitud de extradición del gobierno yugoslavo, se mudó a Chile. Pasó cuatro meses en Santiago y luego se mudó a España. Circularon informes de que Pavelić había huido a Paraguay para trabajar para el régimen de Stroessner; su asilo español no se conoció hasta finales de 1959.
Pavelić llegó a Madrid el 29 de noviembre de 1957. Continuó los contactos con miembros del Movimiento de Liberación de Croacia y recibió visitantes de todo el mundo. Pavelić vivía en secreto con su familia, probablemente por acuerdo con las autoridades españolas. Aunque se le concedió asilo, las autoridades españolas no le permitieron realizar apariciones públicas. A mediados de 1958 envió un mensaje desde Madrid a la Asamblea de Sociedades Croatas en Munich. Expresó su deseo de que todos los croatas se unan con el objetivo de restablecer el Estado Independiente de Croacia. Algunos grupos se distanciaron de Pavelić y otros lo hicieron después de su muerte. En su testamento, nombró a Stjepan Hefer como su sucesor como presidente del Movimiento de Liberación de Croacia. Pavelić murió el 28 de diciembre de 1959 en el Hospital Alemán de Madrid a la edad de 70 años a causa de las heridas sufridas en el intento de asesinato de Jovović. Fue enterrado en el cementerio de San Isidro.